Después del ataque al fuerte Sumpter Lincoln se prepara para la guerra. Casi inmediatamente cuatro estados más deciden sumarse a la Confederación (Virginia, Arkansas, Carolina del Norte y Tennessee).
En el Estado de Virginia hay tensiones. Los representantes políticos deciden apoyar a la Confederación pero una asamblea de municipios del oeste decide mantenerse fiel a la Unión y declara su autonomía bajo el nombre de Virginia Occidental.
En esta situación la respuesta de Lincoln será bloquear con la marina los puertos del sur y la desembocadura del Misisipí. El ahogo económico comenzará a tener efecto muy rápidamente ya que estas zonas dependían por completo de las exportaciones de productos de plantación.
La marina confederal lanzará diversas ofensivas navales con objeto de romper el bloqueo. A pesar de sus esfuerzos no lo conseguirán debido a la superioridad naval del norte. En este periodo se vivirán las grandes batallas navales de la contienda, las más conocidas, la batalla de Hampton Roads y la batalla de Fort Fischer.
Lincoln comprende que con el bloqueo como única medida no ganará la guerra. Manda iniciar entonces una serie de ofensivas dirigidas a tomar las grandes ciudades del sur con la intención de descabezar a su rival. Los primeros avances por tierra serán contenidos por las tropas de los generales confederados Johnston y Beauregegard. Algunas de estas contiendas, como la primera batalla de Manassas, que acaeció el 21 julio 1861, serán batallas épicas que llenarán de moral al sur.
El General McClellan efectuará un nuevo ataque contra Virginia en la primavera de 1862. Pero los confederados del General Lee conseguirán la victoria en la batallas de los Siete Días y los de la Unión tendrán que dar media vuelta.
Envalentonados por sus éxitos los confederados se lanzarán a invadir el norte bajo las ordenes del General Lee aquel otoño. Pero una cosa era combatir en casa y otra hacerlo fuera. El 17 de setiembre tiene lugar la batalla de Antitetam en Maryland donde los confederados sufren una gran derrota. Se giran las tornas y su avance sobre el norte se ha de detener.
La batalla de la batalla de Fredericksburg tendrá lugar el invierno de 1862. Se trato de otra ofensiva de la Unión sobre el sur que acabará en carnicería.
En Julio de 1863 Meade conseguirá derrotar a Lee en la celebre batalla de batalla de Gettysburg. Esta contienda marcará el punto final de las victorias del sur sobre el norte.