Como la mayoría de Europa, decir quiénes fueron los primeros pobladores de los Balcanes es un asunto difícil. Uno siempre puede decir que fueron los míticos celtas quienes llegaron primero a esta región, o los itinerantes habitantes de las estepas. Lo que está claro es que, cuando en el siglo VI llegaron los eslavos a la región de la antigua Yugoslavia, ya había gente allí. Sin ir más lejos, todos sabemos que Alejandro Magno llegó precisamente a lo que hoy es Macedonia.
Las personas que han llegado a ser conocidas como serbios y croatas, que constituyen la mayoría de las gentes de la región, apenas se distinguían durante la primera parte de la Edad Media. Ambos eran originarios del reino de la Gran Moravia. Fue alrededor del año mil, sin embargo, cuando los croatas y los serbios comenzaron a convertir el cristianismo cada cual a su manera. Los croatas se fundamentaron en el catolicismo, mientras que los serbios se acercaron más a la cristiandad ortodoxa.
Durante el siglo XIV, los otomanos conquistaron gran parte de las tierras eslavas del sur, después de haber ganado una batalla decisiva contra los serbios en Kosovo Polije. Esto provocó el comienzo del dominio otomano, que no concluyó hasta el siglo XIX. Desde entonces, Kosovo ha sido un grito de guerra para los serbios. Sin ir más lejos, Slobodan Milosevic realizó aquí sus mitines para recordar el pasado de su pueblo, sin permitir que los albaneses pisaran la zona.
Sin embargo, el dominio de los otomanos no fue del todo brutal. Solo querían que los ciudadanos fueran obedientes. A los cristianos católicos y ortodoxos se les permitió mantener sus respectivas religiones. Sin embargo, había beneficios si se convertían al Islam. La mayor cantidad de convertidos al Islam se produjo en lo que hoy es Bosnia y Albania. Muchos albaneses se trasladaron a Kosovo durante este periodo.
Después de que el imperio otomano se redujera en el siglo XIX, se comenzaron a formar nuevas alianzas. Los croatas, al ser católicos, se aliaron con el imperio austro-húngaro. Serbia se separó del imperio otomano a comienzos del siglo XIX, y siguió siendo un reino independiente durante mucho tiempo. Hay que recordar que, antes de la caída del Imperio Otomano, los Habsburgo habían entregado a los serbios los territorios de Krajina, debido a sus proezas militares, para defenderse contra posibles ataques otomanos.
En 1912 estalló la Guerra de los Balcanes. En 1914, Gavrilo Princep, un nacionalista yugoslavo, disparó contra el Archiduque de Austria, asesinato que provocó el comienzo de la Primera Guerra Mundial. Sin embargo, sólo fue el comienzo de la turbulenta historia moderna de los Balcanes.
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